La physiopathologie du reflux gastro-œsophagien (RGO) est complexe, de nombreux facteurs pouvant intervenir non seulement dans le déclenchement d'un épisode de reflux, mais aussi dans la perception de ces reflux et l'apparition ou non de lésions muqueuses. La barrière anti-reflux est représentée par la jonction œsogastrique (JOG) composée d'éléments anatomiques et fonctionnels, principalement le sphincter inférieur de l'œsophage (SIO) et le diaphragme. Un reflux survient toujours lors de l'ouverture de la JOG, soit lors d'une relaxation transitoire du sphincter inférieur de l'œsophage (RTSIO), soit en cas d'hypotonie du SIO. Plusieurs facteurs peuvent participer à la survenue d'un reflux : augmentation de la pression abdominale (obésité), position de la poche acide gastrique, hernie hiatale fixée ou temporaire. Une fois qu'un reflux s'est produit, les mécanismes de défense de l'œsophage font intervenir l'intégrité de l'épithélium œsophagien et les capacités de clairance de l'œsophage qui vont limiter le temps de contact entre le matériel de reflux et la muqueuse œsophagienne pour limiter la survenue de lésions macroscopiques, voire microscopiques. Les troubles moteurs de l'œsophage associés au RGO (motricité œsophagienne inefficace) altèrent les capacités de clairance de l'œsophage. La sensibilité œsophagienne est un déterminant essentiel de la perception des épisodes de reflux acides ou non acides. Les rôles respectifs des facteurs physiopathologiques vont déterminer les différents phénotypes du RGO.